Resident Evil: Degeneration spielt einige Jahre nach den Vorfällen in Raccoon City und beleuchtet die weiterhin andauernde Bedrohung durch Biowaffen. Die Handlung beginnt an einem internationalen Flughafen in den USA, als dort plötzlich das T-Virus ausbricht, das von der Umbrella Corporation geschaffen wurde. Ein infizierter Passagier verwandelt sich in einen Zombie und löst innerhalb kürzester Zeit eine Kettenreaktion aus, wodurch Panik ausbricht und der gesamte Flughafen unter Quarantäne gestellt wird. Die Behörden versuchen, die Situation unter Kontrolle zu bringen, während die Infektion sich rasch ausbreitet.
Inmitten des Chaos treffen zwei erfahrene Überlebende aus den Raccoon-City-Vorfällen wieder aufeinander: Leon S. Kennedy, ein Elite-Agent, der in zahlreiche Einsätze gegen bioterroristische Bedrohungen verwickelt war, und Claire Redfield, die mittlerweile für eine humanitäre Organisation arbeitet, die den Opfern von Biowaffenangriffen hilft. Leon und Claire schließen sich zusammen, um die Überlebenden zu retten und herauszufinden, wer hinter dem Angriff steckt. Ihre Zusammenarbeit wird entscheidend, um den gefährlichen Ausbruch einzudämmen und eine weitere Katastrophe zu verhindern.
Während sie im Flughafen gegen Zombies und andere infizierte Kreaturen kämpfen, kommen Leon und Claire einer Verschwörung auf die Spur, die weit über den Vorfall am Flughafen hinausgeht. Sie entdecken, dass eine private Firma namens WilPharma, die Biowaffen entwickelt und das T-Virus erforscht, in die Geschehnisse verwickelt sein könnte. WilPharma ist bekannt für seine umstrittenen Forschungen und wird von verschiedenen Gruppen mit Misstrauen betrachtet, da die Verbindungen zwischen Konzernen und bioterroristischen Aktivitäten immer deutlicher werden. Leon und Claire geraten zwischen die Interessen mächtiger Organisationen, die Biowaffen für ihre eigenen Zwecke nutzen wollen.
Während die Gefahr im Flughafen zunimmt, führt die Spur die beiden schließlich zu einer verdeckten Einrichtung, in der Experimente an mutierten Kreaturen durchgeführt wurden. Dort werden nicht nur die Geheimnisse der aktuellen Bedrohung, sondern auch frühere Verbindungen zum T-Virus offengelegt. Leon und Claire erkennen, dass der Kampf gegen das Virus und seine Verbreitung eine ständige Herausforderung darstellt und dass es immer neue Akteure gibt, die an Biowaffen interessiert sind. Die Entschlossenheit der beiden wird auf eine harte Probe gestellt, während sie gegen die infizierten Wesen und die dunklen Mächte, die hinter dem Ausbruch stehen, ankämpfen müssen.
Resident Evil: Degeneration zeigt in einer packenden und intensiven Handlung, wie die Bedrohung durch Biowaffen weiterhin die Sicherheit der Menschen gefährdet und dass es immer neue Organisationen und Unternehmen gibt, die von den verheerenden Effekten profitieren wollen. Claire und Leon stehen nicht nur vor der Herausforderung, das Virus aufzuhalten, sondern auch, die wahren Verantwortlichen zur Rechenschaft zu ziehen, bevor sich die Situation weiter verschlimmert. Der Film führt die Zuschauer durch ein Szenario voller Action und Spannung, das die Gefahren bioterroristischer Experimente und den unermüdlichen Kampf gegen die Verbreitung des T-Virus thematisiert.