In Resident Evil: Vendetta führt ein erneuter Ausbruch des gefährlichen Virus zu einem internationalen Notfall, der mehrere Hauptakteure aus früheren Einsätzen gegen Bioterrorismus auf den Plan ruft. Die Handlung beginnt, als der skrupellose Wissenschaftler und ehemalige Soldat Glenn Arias eine Serie von Angriffen mit einem neuartigen Virus plant, um seine persönlichen Rachegelüste gegen diejenigen auszuleben, die für sein Leid verantwortlich sind. Arias hat das sogenannte „Trigger Virus“ entwickelt, das gezielt manipuliert werden kann, um infizierte Menschen in verschiedene Arten von Kreaturen zu verwandeln und seinen Bedürfnissen anzupassen. Dieses Virus stellt eine neue Bedrohung dar, da es von gewöhnlichen Antikörpern nicht neutralisiert werden kann und unberechenbare Mutationen hervorruft.
Chris Redfield, ein erfahrener Agent der BSAA (Bioterrorism Security Assessment Alliance), wird auf Arias angesetzt, nachdem erste Spuren zu dessen Beteiligung an einer Serie von Angriffen führen. Chris, bekannt für seinen Mut und seine entschlossene Haltung gegen bioterroristische Bedrohungen, setzt alles daran, Arias aufzuspüren und die Virusverbreitung zu stoppen. Bei seinen Ermittlungen wird ihm bewusst, dass Arias weitreichende Pläne hat, die das Leben vieler Menschen bedrohen könnten, und dass er bereit ist, extreme Maßnahmen zu ergreifen, um seine Ziele zu erreichen.
Währenddessen kontaktiert Chris Leon S. Kennedy, einen weiteren erfahrenen Agenten, der sich zuvor mehrfach mit ähnlichen Bedrohungen auseinandergesetzt hat. Trotz ihrer unterschiedlichen Methoden und Persönlichkeiten schließen sich Chris und Leon zusammen, um Arias’ finsteren Plänen entgegenzutreten. Leon, der für seine Fähigkeiten im Umgang mit gefährlichen Situationen bekannt ist, wird in die Ermittlungen involviert und bringt seine Erfahrung mit Biowaffen ein. Gemeinsam begeben sie sich auf eine Mission, die sie quer durch verschiedene Länder und geheime Forschungseinrichtungen führt.
Auch Rebecca Chambers, eine ehemalige S.T.A.R.S.-Mitglied und Biochemikerin, wird in die Ereignisse hineingezogen. Sie entdeckt eine Möglichkeit, das neue Virus zu analysieren und einen Gegenstoff zu entwickeln. Rebecca, die über umfangreiche Kenntnisse im Bereich Virologie verfügt, arbeitet daran, ein Heilmittel gegen das Virus zu finden und eine Katastrophe zu verhindern. Als sie ins Visier von Arias gerät, da er ihre Fähigkeiten als Bedrohung ansieht, wird sie zur Zielscheibe und muss sowohl gegen das Virus als auch gegen Arias’ Handlanger kämpfen.
Die drei Protagonisten – Chris, Leon und Rebecca – bilden ein Team, das sich gegen die neuen Bedrohungen wehren muss und sich sowohl gegen mutierte Kreaturen als auch gegen Arias’ Soldaten behauptet. Ihre Mission führt sie durch zahlreiche gefährliche Umgebungen und konfrontiert sie mit immer neuen Herausforderungen. Die Bedrohung durch das Virus und die skrupellosen Machenschaften von Arias werden zur Gefahr für die gesamte Weltbevölkerung, und das Trio setzt alles daran, eine weitere globale Katastrophe zu verhindern.
Resident Evil: Vendetta behandelt die zunehmende Gefahr durch die Verbreitung von Biowaffen und die ethischen Fragen, die bei der Entwicklung solcher Technologien aufkommen. Chris, Leon und Rebecca müssen sich gegen die immer intensiveren Versuche wehren, Biowaffen für persönliche Rachegelüste und Machtspiele zu nutzen. Der Film zeigt ihre Entschlossenheit und ihren Mut im Kampf gegen die Konsequenzen einer Technologie, die, wenn sie in die falschen Hände gerät, eine zerstörerische Kraft entfaltet.
